順式作用元件
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順式作用元件順式作用元件(cis-actingelement)存在于基因旁側(cè)序列中能影響基因表達(dá)的序列。順式作用元件包括啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、調(diào)控序列和可誘導(dǎo)元件等，它們的作用是參與基因表達(dá)的調(diào)控。順式作用元件本身不編碼任何蛋白質(zhì),僅僅提供一個(gè)作用位點(diǎn)，要與反式作用因子相互作用而起作用。
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元件介紹
順式作用元件是指與結(jié)構(gòu)基因串聯(lián)的特定DNA序列，是轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，它們通過與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合而調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的精確起始和轉(zhuǎn)錄效率。
順式作用元
件在分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，相對(duì)同一染色體或DNA分子而言為“順式”（cis）；對(duì)不同染色體或DNA分子而言為“反式”（trans）。
結(jié)構(gòu)組成
順式
作用元件是同一DNA分子中具有轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)功能的特異DNA序列。按功能特性，真核基因順式作用元件分為啟動(dòng)子、增強(qiáng)子及沉默子。
啟動(dòng)子
是原核操縱子中啟動(dòng)序列的同義語(yǔ)。真核基因啟動(dòng)子是RNA聚合酶結(jié)合位點(diǎn)周圍的一組轉(zhuǎn)錄控制組件，每一組件含7~20bp的DNA序列。啟動(dòng)子包括至少一個(gè)轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)以及一個(gè)以上的機(jī)能組件。在這些機(jī)能組件中最具典型意義的就是TATA盒，它的共有序列是TATAAAA。TATA盒通常位于轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)上游-25~-30bp，控制轉(zhuǎn)錄起始的準(zhǔn)確性及頻率。TATA盒是基本轉(zhuǎn)錄因子TFIID結(jié)合位點(diǎn)。除TATA盒外，GC盒（GGGCGG）和CAAT盒（GCCAAT）也是很多基因常見的，它們通常位于轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)上游-30~-110bp區(qū)域。此外，還發(fā)現(xiàn)很多其它類型的機(jī)能組件。由TATA盒及轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)即可構(gòu)成最簡(jiǎn)單的啟動(dòng)子。
增強(qiáng)子
增強(qiáng)子是遠(yuǎn)離轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)、決定基因的時(shí)間、空間特異性表達(dá)、增強(qiáng)啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄活性的DNA序列，其發(fā)揮作用的方式通常與方向、距離無關(guān)，可位于轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)的上游或下游。從功能上講，沒有增強(qiáng)子存在，啟動(dòng)子通常不能表現(xiàn)活性；沒有啟動(dòng)子時(shí)，增強(qiáng)子也無法發(fā)揮作用。 增強(qiáng)子最早是在SV40病毒中發(fā)現(xiàn)的長(zhǎng)約200bp的一段DNA，可使旁側(cè)的基因轉(zhuǎn)錄效率提高100倍，其后在多種真核生物，甚至在原核生物中都發(fā)現(xiàn)了增強(qiáng)子。增強(qiáng)子的長(zhǎng)度通常為100～200bp，和啟動(dòng)子一樣由若干組件構(gòu)成，基本核心組件常為8～12bp，可以單拷貝或多拷貝串聯(lián)形式存在。
增強(qiáng)子增強(qiáng)子的特點(diǎn)：
（1）增強(qiáng)子可提高同一條DNA鏈上基因轉(zhuǎn)錄效率，可以遠(yuǎn)距離作用，通常距離l～4kb，個(gè)別情況下離開所調(diào)控的基因30kb仍能發(fā)揮作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。
(2)增強(qiáng)子作用與其序列的正反方向無關(guān)，將增強(qiáng)子方向倒置依然能起作用。而將啟動(dòng)子倒置就不能起作用，可見增強(qiáng)子與啟動(dòng)子是很不相同的。
(3)增強(qiáng)子要有啟動(dòng)子才能發(fā)揮作用，沒有啟動(dòng)子存在，增強(qiáng)子不能表現(xiàn)其活性。但增強(qiáng)子對(duì)啟動(dòng)子沒有嚴(yán)格的專一性，同一增強(qiáng)子可以影響不同類型啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄。
(4)增強(qiáng)子必須與特定的蛋白質(zhì)因子結(jié)合后才能發(fā)揮增強(qiáng)轉(zhuǎn)錄的作用。增強(qiáng)子一般具有組織或細(xì)胞特異性，許多增強(qiáng)子只在某些細(xì)胞或組織中表現(xiàn)活性，是由這些細(xì)胞或組織中具有的特異性蛋白質(zhì)因子所決定的。例如，人類胰島素基因5’端上游約250個(gè)核苷酸處有一組織特異性增強(qiáng)子。在胰島素p細(xì)胞中有一種特異性蛋白因子，可以作用于這個(gè)區(qū)域，以增強(qiáng)胰島素基因的轉(zhuǎn)錄。在其他組織細(xì)胞中沒有這種蛋白因子，所以也就沒有此作用。這就是為什么胰島素基因只有在胰島素p細(xì)胞中才能很好表達(dá)的重要原因。
(5)大多為重復(fù)序列，一般長(zhǎng)約50bp，適合與某些蛋白因子結(jié)合。其內(nèi)部常含有一個(gè)核心序列，即(G)TGGA／TA／TA／T(G)，是產(chǎn)生增強(qiáng)效應(yīng)時(shí)所必需的。
(6)增強(qiáng)效應(yīng)十分明顯，一般能使基因轉(zhuǎn)錄頻率增加10-200倍。經(jīng)人巨大細(xì)胞病毒增強(qiáng)子增強(qiáng)后的珠蛋白基因表達(dá)頻率比該基因正常轉(zhuǎn)錄高600～1000倍。
(7)許多增強(qiáng)子還受外部信號(hào)的調(diào)控，如金屬硫蛋白的基因啟動(dòng)區(qū)上游所帶的增強(qiáng)子，就可以對(duì)環(huán)境中的鋅、鎘濃度做出反應(yīng)。
(8)增強(qiáng)子的功能是可以累加的。SV40增強(qiáng)子序列可以被分為兩半，每一半序列本身作為增強(qiáng)子功能很弱，但合在一起，即使其中間插入一些別的序列，仍然是一個(gè)有效的增強(qiáng)子。因此，要使一個(gè)增強(qiáng)子失活必須在多個(gè)位點(diǎn)上造成突變。對(duì)SV40增強(qiáng)子而言，沒有任何單個(gè)的突變可以使其活力降低10倍。增強(qiáng)子的作用原理：一種觀點(diǎn)認(rèn)為，增強(qiáng)子為轉(zhuǎn)錄因子提供進(jìn)入啟動(dòng)子區(qū)的位點(diǎn)。另一種認(rèn)為，增強(qiáng)子能改變染色質(zhì)的構(gòu)象。因?yàn)樵鰪?qiáng)子區(qū)域容易發(fā)生從B—DNA到Z—DNA的構(gòu)象變化。
沉默子
某些基因含有的一種負(fù)性調(diào)節(jié)元件，當(dāng)其結(jié)合特異蛋白因子時(shí)，對(duì)基因轉(zhuǎn)錄起阻遏作用。
元件作用
順式作用元件是同一DNA分子中具有特殊功能的轉(zhuǎn)錄因子DNA結(jié)合位點(diǎn)和其它調(diào)控基序，在基因轉(zhuǎn)錄起始調(diào)控中起重要作用；按功能特性分為通用調(diào)節(jié)元件如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子及沉默子和專一性元件如激素反應(yīng)元件，cAMP反應(yīng)元件；
確定順式作用元件的試驗(yàn)方法主要有：DNA結(jié)構(gòu)分析、序列分析和基因刪除或替換等，軟件預(yù)測(cè)是確定順式作用元件的另一種方法，但不同軟件預(yù)測(cè)結(jié)果差異較大，將試驗(yàn)方法與軟件預(yù)測(cè)相結(jié)合能夠提高順式作用元件預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。
多細(xì)胞有機(jī)體在生長(zhǎng)、分化和發(fā)育過程中需要整合不同組織的、發(fā)育的、環(huán)境的信號(hào)調(diào)節(jié)基因表達(dá)，轉(zhuǎn)錄起始的調(diào)節(jié)是其中的重要一環(huán)。順式作用(cisacting)元件是同一DNA分子中具有轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)功能的特異DNA序列，即具有特殊功能的轉(zhuǎn)錄因子DNA結(jié)合位點(diǎn)和其他調(diào)控基序(motif)。
與反式作用因子關(guān)系
順式作用元件：真核生物中沒有操縱子，調(diào)節(jié)基因中調(diào)控序列有許多能結(jié)合動(dòng)中調(diào)控蛋白的元件叫順式作用元件，它們往往與結(jié)構(gòu)基因保持一定的距離。
反式作用因子：指和順式作用元件結(jié)合的可擴(kuò)散性蛋白，包括基礎(chǔ)因子，上游因子，誘導(dǎo)因子。
真核生物的轉(zhuǎn)錄調(diào)控是調(diào)控的最重要的途經(jīng)，大多是通過順式作用元件和反式作用因子復(fù)雜的相互作用而實(shí)現(xiàn)的。順式作用元件（cis-actingelement）存在于基因
旁側(cè)序列中能影響基因表達(dá)的序列，它們的作用是參與基因表達(dá)的調(diào)控，本身不編碼任何蛋白質(zhì)，僅僅提供一個(gè)作用位點(diǎn)，要與反式作用因子相互作用而起作用。啟動(dòng)子存在著很多順式元件，可分為以下四種類型：①核心啟動(dòng)子成分，如TATA框；②上游啟動(dòng)子成分，如CAAT框，GC框，ATF結(jié)合位點(diǎn)；③遠(yuǎn)上游元件：如增強(qiáng)子，沉默子等；④特殊啟動(dòng)子成分：如淋巴細(xì)胞中的Oct(octamer)和κB。這些元件都為不同的轉(zhuǎn)錄因子及蛋白質(zhì)識(shí)別和結(jié)合來調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄。
反式作用因子（trans-actingfactor）通過以下不同的途經(jīng)發(fā)揮調(diào)控作用：蛋白質(zhì)和DNA相互作用；蛋白質(zhì)和配基結(jié)合；蛋白質(zhì)之間的相互作用以及蛋白質(zhì)的修飾。參與基因表達(dá)調(diào)控的因子,它們與特異的靶基因的順式元件結(jié)合起作用。編碼反式作用因子的基因與被反式作用因子調(diào)控的靶序列(基因)不在同一染色體上。反式作用因子有兩個(gè)重要的功能結(jié)構(gòu)域:DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域和轉(zhuǎn)錄活化結(jié)構(gòu)域,它們是其發(fā)揮轉(zhuǎn)錄調(diào)控功能的必需結(jié)構(gòu)。反式作用因子可被誘導(dǎo)合成,其活性也受多種因素的調(diào)節(jié)。同一類序列特異性的反式作用因子由多基因家族所編碼。
與轉(zhuǎn)錄水平調(diào)節(jié)的反式作用因子通常可分為四大類(RobertG.Roeder，2004)：①RNA聚合酶；②和RNA聚合酶相聯(lián)系的普遍性轉(zhuǎn)錄因子(generaltranscriptionfactor，GTFs)它們結(jié)合在靶基因的啟動(dòng)子上，形成前起始復(fù)合物(pre-initiationcomplex，PIC)，啟動(dòng)基因的轉(zhuǎn)錄；③特異性轉(zhuǎn)錄因子(gene-specific(DNA-binding)regulatoryfactors)(如激活因子和抑制因子)，一類與靶基因啟動(dòng)子和
增強(qiáng)子(或沉默子)特異結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子，具有細(xì)胞及基因特異性，可以增強(qiáng)或抑制靶基因的轉(zhuǎn)錄；④種類多樣的協(xié)調(diào)因子(coregulatoryfactors)，要么改變局部染色質(zhì)的構(gòu)像(如組蛋白酰基轉(zhuǎn)移酶和甲基轉(zhuǎn)移酶)，對(duì)基因轉(zhuǎn)錄的起始具有推動(dòng)作用，要么直接在轉(zhuǎn)錄因子和前起始復(fù)合物之間發(fā)揮橋梁作用(如中介因子(Mediator))，推動(dòng)前起始復(fù)合物(PIC)形成和發(fā)揮作用。包括：
1、螺旋轉(zhuǎn)角螺旋（Helix-turn-helix）：有3個(gè)螺旋，螺旋3是識(shí)別和DNA結(jié)合，一般結(jié)合于大溝；螺旋1和2和其它蛋白質(zhì)結(jié)合。
2、鋅指結(jié)構(gòu)：鋅指（zincfimger）這個(gè)名稱來源于它的結(jié)構(gòu)，它由一小組保守的氨基酸和鋅離子結(jié)合，在蛋白質(zhì)中形成了相對(duì)獨(dú)立的功能域，像一根根手指伸向DNA的大溝。兩種類型的DNA結(jié)合蛋白具有這種結(jié)構(gòu)，一類是鋅指蛋白，另一類是甾類受體。
3、亮氨酸拉鏈（Leucineziipper）兩個(gè)蛋白之間相互作用共同建立一個(gè)轉(zhuǎn)錄復(fù)合體，在一系列轉(zhuǎn)錄因子中發(fā)現(xiàn)的一種模體涉及兩個(gè)相同和不同的部分構(gòu)成。亮氨酸拉鏈?zhǔn)且环N富含亮氨酸的蛋白鏈形成的二聚體模體。它本身形成二聚體同時(shí)還可以識(shí)到特殊的DNA序列。一個(gè)親水的α-螺旋在其表面的一側(cè)有疏水基因（包括亮氨酸），另一側(cè)表面帶有電荷。
4、螺旋一環(huán)一螺旋（HLH）
5、同源異形結(jié)構(gòu)域（Homeodomains，HD）：同源異形盒（hoomeobox）是一種編碼60aa的序列，長(zhǎng)180bp，幾乎存在于所有真核生物中。
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