酯酶類（EC 3.1） 3.1.1：羧酸酯水解酶類 膽堿酯酶（乙酰膽堿酯酶、丁酰膽堿酯酶） · 果膠酯酶 · 6-磷酸葡萄糖酸內酯酶 · 血小板活化因子乙酰水解酶 脂肪酶（膽鹽依賴性脂酶、胃脂肪酶/舌脂肪酶、胰脂肪酶、溶酶體酸性脂肪酶、激素敏感性脂肪酶、內皮脂肪酶、肝脂肪酶、脂蛋白脂肪酶、單酰基甘油脂肪酶、二酰基甘油脂肪酶） 磷脂酶（A1、A2、B） 3.1.2：硫酯水解酶類 棕櫚酰蛋白硫酯酶 · 泛素C端水解酶L1 3.1.3： 磷酸單酯水解酶類 堿性磷酸酶（ALPI、ALPL、ALPP） · 酸性磷酸酶（前列腺酸性磷酸酶）/抗酒石酸酸性磷酸酶/紫色酸性磷酸酶 · 核苷酸酶 · 葡萄糖6-磷酸酶 · 果糖1,6-二磷酸酶 · 鈣調磷酸酶 · 磷蛋白磷酸酯酶（PP2） · OCRL · 丙酮酸脫氫酶磷酸酶 · 磷酸果糖激酶2 · PTEN · 植酸酶 · 磷酸肌醇磷酸酶（IMPA1） 磷蛋白磷酸酶：蛋白酪氨酸磷酸酶 · 蛋白絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶 · 雙特異性磷酸酶 3.1.4：磷酸二酯水解酶類 自分泌運動因子 · 磷脂酶（磷脂酶C、磷脂酶D） · 鞘磷脂磷酸二酯酶（1) · PDE1 · PDE2 · PDE3 · PDE4A/PDE4B · PDE5 · 卵磷脂酶（產氣莢膜梭菌α毒素） · 環核苷酸磷酸二酯酶 3.1.6：硫酸酯酶類 芳香基硫酸酯酶（芳香基硫酸酯酶A、芳香基硫酸酯酶B、芳香基硫酸酯酶E、類固醇硫酸酯酶） · 氨基半乳糖-6硫酸酯酶 · 艾杜糖醛酸-2-硫酸酯酶 · N-乙酰氨基葡萄糖-6-硫酸酯酶 核酸酶（包含 脫氧核糖核酸酶及 核糖核酸酶） 3.1.11-3.1.16：核酸外切酶 脫氧核糖核酸外切酶 RecBCD 核糖核酸外切酶 寡核苷酸酶 3.1.21-3.1.31：核酸內切酶 脫氧核糖核酸內切酶 脫氧核糖核酸內切酶Ⅰ · 脫氧核糖核酸內切酶Ⅱ · 脫氧核糖核酸內切酶Ⅳ · 限制性內切酶 · UvrABC核酸內切酶 核糖核酸內切酶 RNaseⅢ · RNase H（1、2A、2B、2C） · RNase P · RNase A （1、2、3、4/5） · RNase T1 · RNA誘導沉默復合體 作用于脫氧核糖核酸或核糖核酸 曲霉屬核酸酶S1 · 微球菌核酸酶 EC 1.1/2/3/4/5/6/7/8/9/10/11/12/13/14/15/16/17/18/19/20/21/22  · 2.1/2/3/4/5/6/7(2.7.10/11-12)/8/9  · 3.1/2/3/4(3.4.21/22/23/24)/5/6/7/8/9/10/11/12/13  · 4.1/2/3/4/5/6 · 5.1/2/3/4/5 · 6.1/2/3/4/5/6