多重序列比對
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多重序列比對（Multiple sequence alignment；MSA）是對三個以上的生物學序列（biological sequence），如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說，是輸入一組假定擁有演化關系的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性，而種系發生關系也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件，例如點突變的單格變化，或是如刪除突變與插入突變，可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性（conservation），或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構，甚至是個別的氨基酸或核苷酸。
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