種系發(fā)生
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種系發(fā)生 (希臘語 φυλογ?νεση，φ?λο，現(xiàn)代希臘語：fílo - 種系，性別和γενν?ση，現(xiàn)代希臘語：jénnissi - 新生，誕生。也被稱作系統(tǒng)發(fā)生。)是指在地球歷史發(fā)展過程中生物種系的發(fā)生和發(fā)展。
這個(gè)概念不單止用于動(dòng)物種系的發(fā)生發(fā)展，還會(huì)用在系統(tǒng)學(xué)各個(gè)層面的分類單元上面。它也會(huì)被用到某一特征的在生物發(fā)育過程中的進(jìn)化這一方面。
種系發(fā)生的研究是通過以下的手段實(shí)現(xiàn)的：
化石形態(tài)學(xué)和解剖學(xué)特征的比較和研究，
現(xiàn)存生物的形態(tài)學(xué)，解剖學(xué)和生理學(xué)特征的比較，
生物，特別是現(xiàn)存生物的個(gè)體發(fā)生研究，
DNA分析，例如測序和分子種系發(fā)生方法。
通過這些數(shù)據(jù)，人們就可以為生物建立一棵種系發(fā)生樹（演化樹），其中描述了各個(gè)物種之間可能有的親緣關(guān)系。
種系發(fā)生研究的最大困難是，種系發(fā)生的進(jìn)化過程是不能被直接通過觀察和實(shí)驗(yàn)被證實(shí)的。所以各個(gè)方面的證據(jù)都要被綜合起來分析。由于對這些證據(jù)的側(cè)重不同，會(huì)經(jīng)常造成有多個(gè)不同的演化樹版本，例如原口類動(dòng)物的幾個(gè)門究竟是歸到蛻皮動(dòng)物（來自遺傳學(xué)方面的證據(jù)）還是關(guān)節(jié)動(dòng)物（形態(tài)學(xué)方面的證據(jù)）。
特征被分為同源和同功兩種。
同源，例如同源器官或是同源的行為方式，會(huì)顯示出相同的軀體基本構(gòu)造，因?yàn)榄h(huán)境的不同而進(jìn)化成不同的外形或功能。同源器官的外形和功能可以相差很大。一個(gè)很好的例子就是脊椎動(dòng)物的前肢。它們可以成為足，翅膀（鳥， 翼龍，蝙蝠），鰭（魚，企鵝，魚龍，鯨），手（人類，猿和一些恐龍），挖掘工具（田鼠，裸濱鼠，袋鼴)。但其骨骼構(gòu)造卻是相似的。這些相似性只能用種系發(fā)生的理論去解釋。
同源特征證實(shí)了物種間的親緣關(guān)系，是重構(gòu)進(jìn)化樹的有力手段。同源現(xiàn)象在生物學(xué)中可以進(jìn)一步分為直系同源（直系同源是指在不同物種中的某一基因來自同一祖先）和旁系同源（種系間的基因復(fù)制） 。
同功，例如同功器官外形的相似，功能的相同，但它們卻是通過趨同演化獨(dú)立發(fā)展出來開的。如墨魚的眼睛和脊椎動(dòng)物的眼睛，它們外形構(gòu)造相似，功能都是感光。但透過顯微鏡可看到，它們的微細(xì)結(jié)構(gòu)不一樣。對個(gè)體發(fā)生的研究顯示，它們是從不同胚層發(fā)育而來的。同功現(xiàn)象并不是親緣關(guān)系的證據(jù)。
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